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品牌: psi-bioscience 公司: 上海普賽生物科技有限公司

服務名稱： DNA-蛋白質互作定量篩選分析服務 提供商： 上海普賽生物科技有限公司

產品詳情請聯(lián)系金山科研平臺微信：jinshanbio
簡介：基因的差異表達是基因（DNA）與轉錄因子（蛋白質）在時間、空間上相互作用的結果體現(xiàn)。解析基因調控原件（轉錄因子結合位點、DNA甲基化等）與轉錄因子在時間、空間上的差異，是理解腫瘤發(fā)生、藥物應答、免疫調控、個體發(fā)育等眾多病理、生理機制的重要內容。轉錄因子與DNA的互作通常是依賴于特定的DNA序列或者修飾（如堿基甲基化等），因此可以用這些特定的DNA的特定序列或者發(fā)生修飾的序列，借助pull-down技術捕獲與其互作的轉錄因子，并利用質譜（MS）進行鑒定和篩選與DNA調控序列互作的、新的轉錄因子，進而最終解析基因表達調控的分子機理。然而由于轉錄因子往往都是低豐度的，此外，在pull-down過程，非特性粘附是不可避免的，最終很有可能對照組和目標組的pull-down產物在SDS-PAGE膠上是看不出差異的（圖B）。當然SDS-PAGE只是一維分離，條帶沒有差異，并不代表著蛋白質就沒有差異。因為沒有差異，一方面做質譜檢測的信心就會大打折扣；另一方面，即使做了質譜，如何區(qū)分特異性和非特異性是一個更困難的問題。如果將SILAC（Stable Isotope Labeling with Amino acids in Cell culture）技術將DNA pull-down，利用SILAC的質譜標簽，通過質譜定量，就能實現(xiàn)相對定量，真正快速的從眾多非特異性背景蛋白中將特異性的轉錄因子篩選出來（圖C-D）。???????Genome research2009, 19(2):284-293.圖注：A. 包含轉錄因子TFAP2結合位點的bait DNA序列，AP2-WT和AP3-MT分別是指野生型和突變型。B. AP2-WT和AP2-MT的DNA pull-down產物SDS-PAGE分離。可見，二者沒有明顯的差異條帶。D.將SIIAC技術和DNA pull-down結合，PURB、TFAP2A、TFAP2C和PURA等蛋白被篩選為AP2-WT的特異性結合蛋白。C.pull-down結合western blot驗證了PURA和TFAP2A是AP-WT DNA的特異性結合蛋白。服務方式：基于我司在SILAC和DNA pull-down技術上的積累，能為您提供：

整體服務。包括：（1）bait-DNA序列的設計、合成及biotin標記。（2）細胞SILAC標記、培養(yǎng)及蛋白質提取。（3）DNA pull-down。（4）pull-down樣品LC-MS測試分析。（5）MS鑒定數(shù)據(jù)定性/定量分析，篩選特異性結合蛋白。（6）pull-down結合western blot驗證潛在互作。靈活協(xié)議。雙方相互協(xié)商，各自承擔部分實驗內容。

參考文獻：Mittler G, Butter F, Mann M:A SILAC-based DNA protein interaction screen that identifies candidate binding proteins to functional DNA elements. Genome research 2009,19(2):284-293.Wierer M, Mann M:Proteomics to study DNA-bound and chromatin-associated gene regulatory complexes. Human molecular genetics 2016,25(R2):R106-R114.??????更多服務/產品信息：請訪問：www.psi-bioscience.com（點我直達）