主要功能用途StepOne Plus系列實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀是Applied Biosystems第一款采用觸摸屏操作控制、引入VeriFlex溫度梯度控制模塊的qPCR平臺(tái)。可實(shí)現(xiàn)在同一次實(shí)驗(yàn)中分別設(shè)置6組不同引物退火溫度以確立最佳擴(kuò)增條件,升溫速度快可支持快速PCR反應(yīng)(StepOne不適用)。采用4組熒光檢測(cè)通道(StepOne為3通道),可實(shí)現(xiàn)多重?zé)晒舛糠治鰴z測(cè)。主要應(yīng)用包括:1、基因表達(dá)分析動(dòng)植物和微生物在生理病理、環(huán)境及外來脅迫下相關(guān)基因表達(dá)的變化分析以及SiRNA誘導(dǎo)基因沉默和基因敲除后特定基因表達(dá)水平的檢測(cè)。2、miRNA表達(dá)水平的檢測(cè)基于miRNA與特定靶基因mRNA表達(dá)水平變化間的關(guān)聯(lián),研究miRNA 調(diào)控基因表達(dá)機(jī)制。3、基因分型(SNP genotyping,Genotyping)利用TaqMan探針、飽和DNA染料HRM曲線分析進(jìn)行基因分型,得出等位基因頻率、基因型占總基因型比率等??蓱?yīng)用于如遺傳病診斷,SNP基因分型,藥物代謝酶DME基因分型,法醫(yī)遺傳學(xué)鑒定等。4、拷貝數(shù)變異(CNV)拷貝數(shù)變異(Copy number variation, CNV)是指因基因組發(fā)生重排而導(dǎo)致長(zhǎng)度1KB以上的基因片段的缺失(減少)、插入、重復(fù)(增加)、重排、倒 位、DNA 拷貝數(shù)目變化,也稱為拷貝數(shù)多態(tài)性(copy number polymorphisms, CNPs)。是造成物種個(gè)體差異和人類許多疾?。ㄈ绨┌Y、遺傳性疾病、心血管疾?。┑囊环N重要遺傳基礎(chǔ)。熒光實(shí)時(shí)定量PCR檢測(cè)初始樣品的某個(gè)DNA 片段的拷貝數(shù)進(jìn)行定量,用已知拷貝數(shù)為2的DNA內(nèi)參校正而實(shí)現(xiàn)對(duì)目DNA 片段拷貝數(shù)的確認(rèn)。5、高分辨率溶解曲線分析(High resolution melt, HRM)DNA序列長(zhǎng)度、GC 含量及堿基互補(bǔ)性差異影響DNA雙鏈結(jié)構(gòu)的熱穩(wěn)定性。高分辨熔解曲線(high-resolution melt,HRM) 分析是通過實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)升溫過程中與雙鏈DNA特異性結(jié)合的熒光染料釋放的綠色熒光強(qiáng)度的變化,了解PCR 產(chǎn)物中DNA分子的解鏈溫度情況,分析樣品特定基因片段DNA組成變化。實(shí)時(shí)熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)運(yùn)行程序中引入溶解曲線分析環(huán)節(jié)后,可借助于專用HRM分析模塊完成HRM分析。HRM用于突變掃描和基因分型,不受突變堿基位點(diǎn)和種類限制,既可對(duì)未知突變進(jìn)行篩查、掃描,又能對(duì)已知突變進(jìn)行分析,還可用于STR分析。6、病原體檢測(cè)(Pathogen detection)實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀能可靠用于臨床醫(yī)學(xué)人體上呼吸道的感染、肺炎、消化道感染、中樞神經(jīng)系統(tǒng)等疾病,以及畜牧業(yè)、農(nóng)作物病蟲害的病原體的檢測(cè)確認(rèn)、感染嚴(yán)重程度的量化評(píng)估。7、蛋白熱穩(wěn)定性分析(Protein thermal shift)利用實(shí)時(shí)定量PCR儀來分析熱穩(wěn)定性,進(jìn)行配體-蛋白結(jié)合的高通量篩選,突變或修飾對(duì)蛋白熱穩(wěn)定性的影響使用蛋白結(jié)合染料(如Protein Thermal Shift 染料),實(shí)時(shí)定量PCR系統(tǒng)上運(yùn)行實(shí)時(shí)熔解實(shí)驗(yàn),根據(jù)因蛋白熔解導(dǎo)致熒光圖像差異,分析配體與蛋白的結(jié)合穩(wěn)定性??捎糜谝愿咄亢Y選配體與蛋白的結(jié)合, 篩選能與蛋白靶點(diǎn)結(jié)合的小分子和片段文庫(kù)候選藥物、抗體,鑒定最佳緩沖液條件以改善蛋白的純化和分離等。8、食品安全和GMO(genetically modified organism)檢測(cè)實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)用于食品的微生物污染監(jiān)測(cè)、肉食類食品食材來源和組成的檢驗(yàn)、如轉(zhuǎn)基因動(dòng)植物基因的檢測(cè)等。9、耐藥基因檢測(cè)等
性能特點(diǎn)StepOne Plus實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀具有直觀簡(jiǎn)便的操作界面和的實(shí)驗(yàn)設(shè)置向?qū)?,既可以通過彩色觸摸屏操作,也可與PC聯(lián)機(jī)采用StepOne Software進(jìn)行實(shí)驗(yàn)操作和數(shù)據(jù)分析處理。精確溫控反應(yīng)模塊及先進(jìn)光學(xué)檢測(cè)單元,支持廣泛的研究和檢測(cè)應(yīng)用。1、功能強(qiáng)大、操作簡(jiǎn)便的StepOne軟件PCR實(shí)驗(yàn)步驟實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)向?qū)В龑?dǎo)用戶執(zhí)行實(shí)驗(yàn)的各個(gè)步驟,包括樣本和反應(yīng)設(shè)置、熱循環(huán)和熒光檢測(cè)等。高級(jí)設(shè)置適用于進(jìn)行更復(fù)雜應(yīng)用(如多重反應(yīng))的高級(jí)用戶;實(shí)時(shí)監(jiān)視擴(kuò)增增長(zhǎng)曲線,即時(shí)查看實(shí)驗(yàn)進(jìn)程;還可通過一臺(tái)遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)實(shí)時(shí)查看擴(kuò)增實(shí)驗(yàn)進(jìn)程,并在運(yùn)行完成時(shí)通過電子郵件提醒通知;自動(dòng)基線和白動(dòng)閾值功能令數(shù)據(jù)分析得以簡(jiǎn)化;自動(dòng)單核苷酸多態(tài)性基因分型識(shí)別功能,具有直觀的圖表輸出和量值分配特性;當(dāng)查看擴(kuò)增曲線或單核苷酸多態(tài)性基因分型圖譜時(shí),易于識(shí)別樣本反應(yīng)孔;StepOne軟件支持包括標(biāo)準(zhǔn)曲線絕對(duì)定量、比較Ct(ΔΔCt)相對(duì)定量、等位基因鑒別(SNP Genotyping)、陽性/陰性等多種分析方法;StepOne Software軟件集成高分辨率熔解曲線(High Resolution Melt/HRM)應(yīng)用模塊。HRM 軟件改進(jìn)聚類算法,提高了靈敏度和準(zhǔn)確性,并能夠?qū)蝹€(gè)板上運(yùn)行的多個(gè)檢測(cè)進(jìn)行單獨(dú)分析。還可選擇符合MIQE 標(biāo)準(zhǔn)的實(shí)時(shí)熒光定量PCR數(shù)據(jù)標(biāo)記語言(RDML)格式輸出實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
2、VeriFlex 梯度控溫技術(shù)StepOne Plus的96孔反應(yīng)模塊采用Veriflex梯度溫控技術(shù),具有六個(gè)獨(dú)立的溫度區(qū),可實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)的溫度控制和優(yōu)化。
3、多重實(shí)時(shí)定量分析功能具有最多可支持4個(gè)靶標(biāo)的多重實(shí)時(shí)熒光定量檢測(cè)功能。
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