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一、方向不同
1、水平式電泳：水平式電泳是在水平方向放置的凝膠平板中進行的電泳。
2、垂直式電泳：垂直式電泳是在垂直方向放置的凝膠平板中進行的電泳。
二、支持物不同
1、水平式電泳：水平式電泳用瓊脂糖凝膠作支持物。
2、垂直式電泳：垂直式電泳用聚丙烯酰胺凝膠作支持物。
三、分離效果不同
1、水平式電泳：水平式電泳橫截面積比垂直式電泳大，因此單位橫截面積的電量強度更低，分離效果更差。
2、垂直式電泳：垂直式電泳橫截面積比水平式電泳小，因此單位橫截面積的電量強度更高，分離效果更好。
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