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QX200 Droplet Digital PCR 系統由兩個儀器（QX200 微滴生成儀和 QX200 微滴分析儀）及其相關的消耗品構成。

QX200 液滴生成儀用于將 PCR 反應生成 20,000 個納升大小的液滴。在使用熱循環儀進行 PCR 后，QX200 微滴分析儀將逐個分析每個樣品中的液滴。微滴被吸入后，管路將分解乳化的液滴，并使它們依次通過一個雙色光學檢測系統。每次運行最多可處理 96 個樣品。系統將計算陽性和陰性微滴的數量，從而以數字格式對靶 DNA 進行絕對定量分析。此外，對于經過 PCR 的液滴，還可以提取擴增的產品以用于下游環節，例如測序或克隆。